中国农工民主党（简称“农工党”）是以医药卫生、人口资源和生态环境领域高中级知识分子为主、具有政治联盟特点、与中国共产党通力合作的、致力于建设中国特色社会主义事业的参政党。
农工党于1930年8月9日在上海创立，其时称为“中国国民党临时行动委员会”，1947年2月3日，改名为“中国农工党民主党”。1947年2月12日，农工党上海地方组织建立。
2000年上海医科大学与复旦大学合并，农工党上海医学院组织的发展历史大致可以分为两校合并前和合并后两个阶段。
一、两校合并之前
1957年11月，农工党上海第一医学院支部成立筹备小组，最初有康德、胡安邦、关曾文、张昌铭、徐迪三、许崇德、唐伯福、范日新8名党员，并委派康德、胡安邦两位同志为召集人。
1963年农工党上海第一医学院党支部正式成立，盛梦仙任主任委员。1966年“文革”开始后民主党派活动被迫全面停顿。1977年11月农工党上医支部开始酝酿恢复党派活动，1980年正式恢复组织活动。在徐迪三等同志的积极努力下，发展了多名党员，到1984年党员数为19名。同年，支部进行换届，产生了农工党上海第一医学院第二届支部，徐迪三任主任委员，王岱明任副主任委员。之后几年农工党上医支部发展迅速，至1988年党员人数超过了50人，是年9月，农工党上医组织调整为农工党上海医科大学总支部。徐迪三任主任委员，左焕琛任副主任委员。1988年5月至1988年8月陈灏珠代理农工党第六届上海市委员会主任委员。1988年8月至1992年6月陈灏珠任农工党第七届上海市委员会主任委员，左焕琛任副主任委员兼秘书长。1988年11月至1992年12月陈灏珠任农工党第十届中央委员会副主席。
由于附属医院的农工党员人数愈来愈多，为便于组织活动的开展，经农工党上海市委批准， 1991年农工党上医组织升格，成立了农工党上海医科大学第一届委员会，徐迪三、左焕琛分别任正副主任委员，委员会下设4个支部：中山医院支部、华山医院支部、儿科医院支部以及联合支部。1992年6月至1997年7月陈灏珠任农工党第八届上海市委员会主任委员，左焕琛任副主任委员。1992年12月至1997年10月陈灏珠任农工党第十一届中央委员会副主席。1993年，农工党上海医科大学委员会换届改选，成立了农工党上海医科大学第二届委员会，徐迪三连任主任委员，蒋豪、杨绪霞任副主任委员。下设5个支部（上医大校部从联合支部中分出成立独立支部），党员人数达91名。
1996年，农工党上海医科大学委员会再度换届，成立了农工党上海医科大学第三届委员会，胡锡琪任主任委员，杨绪霞任常务副主任委员，祝墡珠任副主任委员，徐迪三任名誉主委。此时，党员人数已达119名。1997年7月至2002年6月陈灏珠任农工党第九届上海市委员会主任委员，左焕琛任副主任委员。1997年10月至2002年12月陈灏珠、左焕琛任农工党第十二届中央委员会副主席。1999年5月其下设联合支部撤销，先后成立眼耳鼻喉科医院支部、肿瘤医院支部以及妇产科医院支部。1999年5月，中山医院支部因党员人数的增加升级为总支，下设两个支部。2002年8月，纺三医院并入中山医院，纺三医院农工党支部成为中山医院总支的第三支部。
二、两校合并之后
2002年1月11日，农工党原复旦大学组织与原上医大组织合并，成为农工党复旦大学委员会，这一组织成为全国高校中规模最大的农工党基层组织，党员人数超过260人。新的农工党复旦大学第一届委员会中，原农工党上医的祝墡珠任主任委员，黄祥龙任副主任委员，郑培君、徐丛剑、高鑫、李华（届中增补）任委员，李华兼任秘书。农工党复旦大学委员会下分设农工党复旦大学邯郸校区总支部委员会、枫林校区总支部委员会。原农工党上海医科大学委员会即为农工党复旦大学枫林校区总支部委员会，祝墡珠任主任委员，黄祥龙、徐丛剑任副主任委员，郑培君、王蓉蓉、陈刚、姚依群任委员，李华任秘书。2002年6月至2007年3月左焕琛任农工党第十届上海市委员会主任委员，陈灏珠任名誉主任委员，祝墡珠任副主任委员。2002年12月至2007年12月左焕琛任农工党第十三届中央委员会副主席。
2006年2月，农工党复旦大学枫林校区总支部委员会借换届之际升格为分委会。徐丛剑任农工党复旦大学枫林校区分委员会主任委员，张宏伟（2009年12月增补）任副主任委员，罗文杰、郑培君、常青任委员，丁佩华任秘书。分委会下设支中山医院总支（内设3个支部）、华山支部、肿瘤医院支部、妇产科支部、五官科医院支部、儿科医院支部、医学院综合支部。 2007年1月8日，农工党复旦大学委员会召开全体党员大会，选举产生农工党复旦大学第二届委员会，委员会中农工党枫林校区同志的任职情况是：赵强任主任委员，徐丛剑、黄峰平任副主任委员，许剑民、张宏伟、高鸿云、高鑫、李华为委员，范薇任秘书。2009年6月赵强因调离中山医院卸任农工党复旦大学委员会主任委员，由黄峰平接任。2007年4月至2012年4月陈灏珠任农工党第十一届上海市委员会名誉主任委员，祝墡珠、黄峰平任副主任委员。
2011年7月，农工党复旦大学枫林校区分委员会换届，徐丛剑连任主任委员，张宏伟连任副主任委员，范薇、潘志刚、缪长虹、张华、张荣、高鸿云、郭丽敏、朱永学、胡昌东、陈刚、丁佩华任委员，丁佩华兼任秘书。9月29日，农工党复旦大学委员会召开全体党员大会，选举产生农工党复旦大学第三届委员会，委员会中农工党枫林校区同志的任职情况是：黄峰平连任主任委员，徐丛剑、许剑民任副主任委员，陈刚、张宏伟、范薇、张华、朱永学、高鸿云、郭丽敏任委员，唐昱任秘书。2012年4月至2017年4月黄峰平任农工党第十二届上海市委员会副主任委员。2013年黄峰平涉嫌经济犯罪，2014年7月17日农工党市委发文，开除黄峰平农工党党籍，并撤销其在农工党内一切职务。2015年12月24日，农工党复旦大学委员会主任委员一职由邯郸校区的梁鸿担任。2016年4月农工党上海市委员会副主任委员一职由徐丛剑担任。
2016年9月28日，农工党复旦大学枫林校区分委员会换届，张宏伟任主任委员，缪长虹、姜建元、毕允力任副主任委员，叶晓峰、李清泉、朱永学、胡昌东、李儒之任委员，李清泉兼任秘书。10月12日，农工党复旦大学委员会召开全体党员大会，选举产生农工党复旦大学第四届委员会，委员会中农工党枫林校区同志的任职情况是：缪长虹、张宏伟任副主任委员，陈彤、高鸿云、叶晓峰、陈刚、朱永学、胡昌东、张华、范薇任委员，唐昱任秘书长。2017年4月至2022年7月徐丛剑续任农工党第十三届上海市委员会副主任委员。
2021年9月23日，农工党复旦大学枫林校区分委员会更名为农工党复旦大学上海医学院分委员会，并换届选举，缪长虹任主任委员，赵重波、叶晓峰任副主任委员，李桂玲、娅娜、李清泉、寿涓、倪晓凌、张荣、陈彤、秦薇、陈嘉莹、吴哈、唐昱任委员。同日，农工党复旦大学委员会召开全体党员大会，选举产生农工党复旦大学第五届委员会，委员会中农工党复旦上医同志的任职情况是：许剑民任主任委员，缪长虹、陈彤任副主任委员，李儒芝、张华、叶晓峰、李清泉、赵重波、刘权任委员，唐昱任秘书长。2022年7月，徐丛剑续任农工党第十四届上海市委员会副主任委员。
农工党复旦大学上海医学院分委员会下设6个支部和1个总支部。截至2022年12月，农工党复旦大学枫林校区分委员会343人。