九三学社是以科学技术界高、中级知识分子为主的具有政治联盟特点的政党,是接受中国共产党领导、同中国共产党通力合作的亲密友党，是中国特色社会主义参政党。九三学社前身为抗战后期一批进步学者在重庆组织的“民主科学座谈会”，为纪念抗日战争和世界反法西斯战争的伟大胜利，1945年9月3日，民主科学座谈会在重庆召开扩大会议。鉴于战后中国命运的抉择，九三先贤一致决定建立永久组织，并以九月三日这个日子命名，正式成立“九三座谈会”。翌年5月4日，九三座谈会改建为九三学社。
1946年6月12日九三学社上海分社成立。2000年上海医科大学与复旦大学合并，九三学社上海医学院基层组织60多年来的发展历程，主要可分为两个阶段：两校合并之前和合并之后。
一、两校合并之前
1956年10月12日，九三学社上海第一医学院筹备委员会成立。1957年1月，九三学社上海第一医学院支社正式成立，由上海第一医学院创始人、时任上海第一医学院副院长的颜福庆教授任主任委员，王有琪、王淑贞任副主任委员，当时有社员13人。支社成立后，不少著名医学专家、医学教育家如苏德隆、郭秉宽、谷镜汧、荣独山等国家一级教授相继加入九三组织，至此，九三学社上一医支社一级教授多达6人，是上海高校中高层次人数最多的基层组织。1958年9月至1961年5月颜福庆任九三学社第六届上海市委员会副主任委员。1958年社员总数达58人。 “反右运动”后至1967年，支社社员人数降至27人。“文革”期间，九三学社上海第一医学院支社的活动全部中断。1961年5月至1964年12月颜福庆任九三学社第七届上海市委员会副主任委员。1964年12月至1980年1月颜福庆任九三学社第八届上海市委员会副主任委员。
1979年，九三学社上海第一医学院支社恢复组织活动，随之成立九三学社上海第一医学院第六届支社，郭秉宽任主任委员，戴天右、谷华运、孙曾一任副主任委员，社员人数32人。1980年1月至1988年6月苏德隆任九三学社第九届、第十届上海市委员会副主任委员。1985年，上海第一医学院改名上海医科大学。1986年借九三学社上医组织换届改选之际，九三学社上海医科大学第七届支社委员会成立，谷华运任主任委员，孙曾一、叶瑛任副主任委员，社员69人。1988年6月至1992年6月孙曾一任九三学社第十一届上海市委员会副主任委员。
1990年9月21日，九三学社上海医科大学支社升格，成立九三学社上海医科大学第一届委员会，谷华运任主任委员，叶瑛任副主任委员，下设中山医院、华山医院、眼耳鼻喉科医院、校本部和儿科医院、肿瘤医院、放医所联合支社等5个支社及妇产科医院小组，社员109人。1992年6月至1997年7月孙曾一任九三学社第十二届上海市委员会副主任委员。1993年9月3日，九三学社上海医科大学委员会改选，成立九三学社上海医科大学第二届委员会，谷华运连任主任委员，徐麦玲、王健瑚任副主任委员，社员133人。1994年，儿科医院支社成立。1995年，妇产科医院支社成立。至此委员会下设支社达7个。1996年7月，九三学社上海医科大学委员会改选，成立九三学社上海医科大学第三届委员会，朱家珠任主任委员，徐麦玲、王健瑚连任副主任委员，社员人数达180人。1997年7月至2002年6月孙曾一任九三学社第十三届上海市委员会名誉副主任委员。
二、两校合并之后
2001年1月，原复旦大学和原上海医科大学九三组织正式合并，成立九三学社复旦大学委员会，其中原九三学社上医的徐麦玲、王健瑚任副主任委员。九三学社复旦大学委员会下设九三学社复旦大学邯郸校区、枫林校区分委员会。原九三学社上海医科大学委员会成为九三学社复旦大学枫林校区分委员会，分委员会下设8个支社委员会：医学院支社、综合支社、中山医院支社、华山医院支社、肿瘤医院支社、眼耳鼻喉科医院支社、妇产科医院支社、儿科医院支社。同年10月，九三学社复旦大学枫林校区分委员会选举，叶胜龙任主任委员，左伋、赵霞、王健瑚任副主任委员，周国民、孙红英、李筱明、陆铸今、沈俊、江志强、王克强、史剑慧、许兰文任委员，史剑慧兼秘书。2002年1月4日，九三学社复旦大学委员会召开全体社员大会，选举产生九三学社复旦大学第四届委员会，委员会中九三学社枫林同志的任职情况是：叶胜龙任副主任委员，左伋、王健瑚、赵霞任委员。2002年6月至2007年3月孙曾一任九三学社第十四届上海市委员会名誉副主任委员。
2006年11月，九三学社复旦大学枫林校区分委员会换届改选，左伋任主任委员，周国民任第一副主任委员，孙红英、钱菊英、李筱明任副主任委员，钟春玖、陆铸今、李继扬、朱会耕、张海燕、邹琴娣、沈俊、卜丽萍任委员，聘任许兰文为主委助理、刘雯为秘书。2006年11月28日，九三学社复旦大学委员会召开全体社员大会，选举产生九三学社复旦大学第五届委员会，委员会中九三学社枫林同志的任职情况是：葛均波任主任委员，左伋任第一副主任委员，赵霞、周国民、李筱明、王明贵任委员。2010年7月届中增补葛均波任九三学社上海市第十五届委员会副主任委员。
2011年7月，九三学社复旦大学枫林校区分委员会换届，周国民任主任委员，孙红英、李筱明、钱菊英、李继扬任副主任委员，钟春玖、陆铸今、朱会耕、曹军宁、张海燕、卜丽萍、郭景春、汪清任委员，许兰文任主委助理，徐昕红任秘书。2011年10月18日，九三学社复旦大学委员会召开全体社员大会，选举产生九三学社复旦大学第六届委员会，委员会中九三学社枫林同志的任职情况是：葛均波连任主任委员，左伋连任第一副主任委员，周国民任副主任委员，王明贵、赵霞任委员，王克强任秘书。2012年4月至2017年4月葛均波任九三学社第十六届上海市委员会副主任委员。
2016年7月，九三学社复旦大学枫林校区分委员会换届，周国民连任主任委员，孙红英、钱菊英、李继扬、赵世民任副主任委员，钟春玖、朱会耕、曹军宁、张海燕、卜丽萍、郭景春、汪清、丁艳华任委员，许兰文任主委助理，徐昕红任秘书。2016年9月26日，九三学社复旦大学委员会召开全体社员大会，选举产生九三学社复旦大学第七届委员会，委员会中九三学社枫林同志的任职情况是：葛均波继续连任主任委员，左伋任常务副主任委员，周国民连任副主任委员，钱菊英、王明贵、虞先濬任委员。2017年4月至2022年7月葛均波任九三学社第十七届上海市委员会副主任委员。
2021年9月27日，九三学社复旦大学枫林校区分委员会更名为九三学社复旦大学上海医学院分委员会，并换届选举，钱菊英任主任委员，李继扬、陈明泉、吴克瑾、郭景春任副主任委员，卜丽萍、丁艳华、张文明、何建权、高强、孙宁、冯陈陈、魏刚任委员。同日，九三学社复旦大学委员会召开全体社员大会，选举产生九三学社复旦大学第八届委员会，委员中九三学社复旦上医同志的任职情况是：钱菊英任主任委员，雷群英、赵世民任副主任委员，郭景春、丁艳华、冯陈陈、温文玉任委员。2022年7月葛均波续任九三学社第十八届上海市委员会副主任委员。2022年12月葛均波任九三学社第十五届中央委员会副主席。
九三学社复旦大学上海医学院分委员会下分设8个支社。截至2022年12月，九三学社复旦大学上海医学院分委会350人。